1959年，喻衡撰《曹州牡丹》。
1962年，陈德录、喻衡撰《曹州牡丹图》。
1972年，赵孝庆、赵建修到山东省农科院搞牡丹辐射育种，这是中国最早的牡丹辐射育种。
至1975年，菏泽牡丹仅凤丹牡丹面积就达万亩。
1978年春节，澳门旅游娱乐有限公司举办了“中国牡丹花展览会”，2000盆菏泽牡丹色彩斑斓，被澳人誉为“四百年首见”。
1982年4月，菏泽牡丹研究会成立。
1982年，上级政府投资40万元，将菏泽市牡丹乡毗邻的赵楼、李集、何楼三个牡丹园合为“曹州牡丹园”，占地100公顷，系世界上最大的牡丹园。
1982年10月23日，胡耀邦同志在山东省委书记白如冰、菏泽地委书记于波海同志的陪同下，视察了曹州牡丹园。听取了汇报后胡耀邦指示：“要建设以牡丹为主的花园，让群众四季有花看。”
1980—1982年，日本派人三次来菏泽交换牡丹品种，并在日本东京举办了“中国牡丹花观赏会”。
1984年政府又投资了30万元，建立了“曹州百花园”
1984年3月25日至4月7日，中国书法家协会和菏泽市政府等六单位联合在中国美术馆举办了“曹州牡丹园专题书画展”，展出美术书法作品300件及催花牡丹150盆。
1984年10月，日本须贺川市“日中友好访华团”，由团长泽田三郎（前市长）率领对菏泽进行友好访问，访华团参观了曹州牡丹园，交换了品种，并在园内栽植了友谊树。
1985年，菏泽市成立了“曹州牡丹园研究所”（后改为菏泽牡丹研究所）。
1986年，菏泽市政府与上级花协联合举办了“首届中国菏泽牡丹花卉展销会”，取得巨大成功，成交额达2.5亿元。同年菏泽催花牡丹获省科技进步奖。
1989年，应日本政府邀请，曹州牡丹园协助日本在岛根县建“中国牡丹园”一处。
1990年4月20日—22日，中国牡丹芍药协会第一届年会在菏泽召开。全国10个省、市、自治区51个单位82位代表参加了会议，进行了广泛的学术交流，参观了曹州牡丹园、百花园、与会代表大开了眼界。
1991年，由李保光撰稿，罗京解说，陈益民拍摄的介绍菏泽牡丹的风光艺术电视片《花乡曲》由中央电视台播放，后译成英文传到美国。
1991年，应联合国巴黎公署的邀请，曹州牡丹园牡丹高级农艺师赵孝庆作为菏泽牡丹花卉界代表，访问法国14个城市，并签订在法建中国牡丹园合同。
1992年4月20-26日，菏泽市成功举办“第一届菏泽国际牡丹花会”。同年，李保光等编著《新编曹州牡丹谱》；菏泽盆栽牡丹在‘92香港国际花展中获优异一等奖，案头牡丹获最佳展品一等奖；爱新觉罗·溥杰为菏泽牡丹题词“天下第一香”，该题词立碑于“曹州牡丹园”。
1992年，受中国花协委托，曹州牡丹园代表国家参加法国波尔多国际花卉展览会，牡丹展品被授予“银质大奖”。
1993年，在全国第三届花博会中，菏泽“凤丹牡丹嫁接观赏牡丹在商品生产上的应用技术”获金奖。同年，“牡丹换芽嫁接技术”获中国科协“金桥奖一等奖”。
1993年3月3日，中国驻泰国清迈总领事张志国，代表省政府向泰国诗丽吉王后陛下赠送了菏泽牡丹花苗，这批花苗栽植在泰北王室发展计划康山试验中心。同年王永成撰《曹州牡丹百吟》。
1994年，赵楼牡丹园被评为全国花卉先进企业。同年，第三届菏泽牡丹花会期间，陈慕华、李德生等党和国家领导人及毛泽东的儿媳邵华、孙子毛新宇专程来菏参加花会并观赏牡丹。
1994年10月，曹州牡丹园被中国花卉协会评选为全国花卉先进企业
国家高技术研究发展计划（863计划）菏泽科研育种基地。
1996年，曹州牡丹园在北京华慧泽知识产权代理有限公司注册了“国色”、“富贵”商标。
1996年，赵孝庆等在《中国牡丹芍药》刊物上发表了《牡丹花型演讲的又一种方式——雄蕊向心式瓣化》。
1997年，菏泽被国家授予“中国牡丹之乡”称号。同年在上海举办的“全国第四届花博会”上，菏泽在上海长凤公园建设的占地1200平方米的“曹州牡丹园”获特别奖，并赠送给了上海市政府。
1999年'99昆明世界园艺博览会上，111枚牡丹单项奖中，菏泽囊括81枚。其中，大金奖2枚、金奖10枚、银奖26枚、铜奖43枚。同年“菏泽牡丹经济合作协会”成立。
2000年，菏泽市牡丹区被山东省命名为“山东省花木之乡”。
2000年8月、10月，“中华牡丹网网站”（址：www.penoyonline.net）和“中国牡丹网网站”（址：www.chinapenoy.net），在菏泽先后建立。
2002年2月，在广东顺德举办的“全国首届牡丹花展”中，菏泽催花牡丹获奖牌中的82枚，其中金奖8个、银奖22个、铜奖52个。
2002年3月25日至4月1日，菏泽牡丹200粒种子随“神州三号”飞船绕地球飞行108圈作太空育种，这是世界上首次对牡丹作太空变异试验。
2002年4月，菏泽103个牡丹新品种通过中国牡丹芍药品种审定委员会审定，这是中国首次一批审核通过最多的品种。6月菏泽120个芍药品种，通过中国牡丹、芍药品种审定委会员审定，这是中国首次芍药品种审定。
2002年11月，菏泽市牡丹区被国家标准化管理委员会和山东省质量技术监督局批准为“牡丹芍药标准化示范区”，牡丹区成为全国第一个牡丹、芍药标准化示范区。
从2002年11月1日起，按照上海同济大学的设计，曹州牡丹园实业有限公司对曹州牡丹园进行大规模改造，改建工程总投资6000万元，截止2003年4月，土山、湖泊、牡丹雕塑广场、文化石柱林、国花鼎等景点已全部完成。
2003年4月22日—27日，首届中国牡丹切花品种评选暨牡丹专题插花艺术展，在菏泽“曹州牡丹园”举行。
2003年4月22日，国家质量监督检验检疫总局专家组，在全面审阅材料、实地察看的基础上，顺利通过了菏泽牡丹原产地标记注册审核。
2003年4月22日，菏泽牡丹新品种40余种，通过中国牡丹芍药品种审定委员会审定。
2003年，赵孝庆被国家林业局特聘为《牡丹新品种特异性、一致性、稳定性（DUS）测试技术标准》的审查专家。
2003年8月，曹州牡丹园被确定为国家“863计划”牡丹项目实施基地。
2003年元月，曹州牡丹园被国家标准化委员会评定为国家级牡丹芍药标准化示范园区。
2005年10月7日，曹州牡丹园蓝芙蓉牡丹品种被中国花卉协会和第六届中国花会博览会组委会评定为花卉展品盆栽类一等奖。
2005年12月13日，曹州牡丹园风景区被山东省工农业旅游示范点评定委员会评定为全国农业旅游示范点。
2005年12月22日，曹州牡丹园被全国工农业旅游示范点评定委员会评定为全国农业旅游示范点。
曹州牡丹园被菏泽市人民政府命名为“中国牡丹芍药登录中心”和“中国牡丹芍药科研基地”。
2006年4月10日—4月15日，曹州牡丹园举办了第六届全国龙狮竞标赛暨第三届全国体育大会龙狮项目选拔赛，来自20个省市，30多个代表队参赛。
2007年10月—11月，曹州牡丹园建成九大色系圃、十大花型圃和品种资源圃。
2007年4月，曹州牡丹园国花馆内增添潍坊市人民政府捐赠青铜铸牡丹宝鼎一座。
2008年4月曹州牡丹园在国花馆一楼购置增添青铜铸十二花神。
2008年7月，曹州牡丹园被山东省旅游局评定为AAA级旅游风景区。
2009年6月—2010年4日，菏泽市人民政府投资2.5亿元对曹州牡丹园进行大规模提升改造。
2010年4月10日上午，曹州牡丹园在东大门外广场举行提升改造完毕后盛大开园仪式。
2011年5月25日，曹州牡丹园获得山东省旅游行业协会颁发的2010年“山东省旅游服务名牌”牌匾。
2012年4月10日—5月10日，曹州牡丹园组织承办了第一届台湾生态农业交流会，台湾美食精品展、名优商品展销会。
2012年1月，中国花卉协会牡丹芍药分会在菏泽市曹州牡丹园牡丹四季温室举办了2012年中国牡丹年宵花评比大赛，曹州牡丹园获奖32个。其中获金奖5个，银奖15个，铜奖12个。
2012年4月—5月15日，曹州牡丹园与菏泽市摄影家协会合作，举办了“2011菏泽摄影展—镜头中的精彩”发奖仪式，共展出作品1003幅，参赛作者180余人。
2012年3月31日，曹州牡丹园与菏泽电视台合作，制作了《印象鲁南》宣传片一部。
2012年4月18日—5月8日，曹州牡丹园管理处准备组织了国家AAAA级旅游景区的材料申报工作。8月份，被国家旅游局评定为国家AAAA级旅游风景区。
2012年3月，中国花卉协会命名菏泽为“中国牡丹之都”。
2012年11月，在曹州牡丹园天香阁内由社会人士韩同景牵头捐建一座高15M的汉白玉文殊菩萨舍利塔一座。
2012年12月19日，“曹州牡丹园2011年牡丹、芍药增植工程通过竣工验收。”
2012年12月22日，菏泽市曹州牡丹园管理处成立，为副县级事业单位，隶属菏泽市城市管理局。
2013年5月6日，曹州牡丹园举办了第一届中国菏泽芍药文化旅游节。
2013年10月1日，曹州牡丹园与青岛三皇广告公司联合举办了中国菏泽首届菊香文化旅游节。
2014年4月16日，曹州牡丹园承办了第23届菏泽国际牡丹文化旅游节开幕式。地点：国花魂广场。
2014年9月1日—10月20日，曹州牡丹园实施了2014秋季牡丹、芍药补栽工程施工。
2015年4月12日，曹州牡丹园在园内国花魂广场承办了第24届菏泽牡丹文化旅游节开幕式。
2015年5月6日，曹州牡丹园举办了第二届中国菏泽芍药赏花旅游节。
2015年10月15日，曹州牡丹园举办了第二届菏泽菊花文化旅游节。
2015年—2016年，曹州牡丹园天香阁内卧佛大殿正式建成，天香阁更名“禅香寺”。
2015年12月24日，菏泽市曹州牡丹园管理处工会委员会成立。
2016年4月28日，曹州牡丹园参加了中国唐山世界园艺博览会，获金奖1枚，银奖11枚，铜奖7枚，刘爱青同志获“个人特殊贡献奖”。
2016年4月12日，曹州牡丹园在园内国花魂广场承办了第25届菏泽牡丹文化旅游节开幕式。
2016年10月1日，曹州牡丹园举办了第三届菏泽菊香文化旅游节。
2016年3月，曹州牡丹园派牡丹技师赵信勇携曹州牡丹园催花牡丹到土耳其参加安塔利世界园艺博览会，荣获五个特别奖。
2017年4月，中国花卉协会牡丹芍药分会鉴定菏泽牡丹新品种100个，其中曹州牡丹园新品种为31个。
2017年4月12日，曹州牡丹园在园内国花魂广场承办了第26届菏泽牡丹文化旅游节开幕式。
2017年10月1日，曹州牡丹园举办了第四届菏泽菊香文化旅游节。
2018年4月12日，曹州牡丹园在国花魂广场承办了第27届菏泽牡丹文化旅游节开幕式。
2018年12月25日，菏泽市政府与杭州赛石园林集团公司正式签订《山东省菏泽市曹州牡丹园项目合作协议》，并由菏泽市政府指定菏泽文化旅游投资有限公司与杭州赛石园林集团公司或其指定的全资子公司共同成立菏泽赛石文化旅游有限公司（项目公司），项目公司负责曹州牡丹园的规划设计、建设改造、经营管理等。合作期限为2019年1月1日至2023年12月31日。同时，曹州牡丹园资产（评估报告为5.96亿元）整体划入菏泽文化旅游集团有限公司（菏政复〔2018〕247号）。
